99年5月12日產業創新條例公布施行，在產業園區設置方面，其重大的變革在於園區類型的轉變及設置程序的簡化。
產業創新條例所賦予設置的園區型態較為多元，已開放如文化創意、物流、電信、媒體等類型園區的設置，以加速多元產業的發展；至於園區申請設置的程序也大幅簡化，例如面積在30公頃以下的產業園區，已授權縣市政府自行審查及核定設置，將可大幅減少申請案件審查所需要的時間。

步驟一：會勘
申請人（檢具土地勘選資料）→臺南市政府經濟發展局（辦理會勘並𢑥整相關單位意見）

步驟二：初審
申請人（依會勘意見修正並檢具相關書件﹣可行性規劃報告／都市計畫書圖、開發計畫書圖／環評書件）→臺南市政府經濟發展局（檢核書件是否齊備並會辦相關單位）

步驟三：審查
須否環評（非都市土地：10公頃以上）（都市土地：5公頃以上）
是→送至臺南市政府環境保護局（審查環境影響評估報告）
否→都市土地：送至內政部（審查都計）；非都市土地：送至臺南市政府都發局（審查開發計畫）

以後一併再送至「臺南市政府產業園區設置審議小組」（審議產業園區設置申請案）

步驟四：核定公告
提交給「臺南市政府」﹣核定設置、公告併報經濟部備查